ФБР заявило, что связь Аль-Каиды и Бин Ладена с атакой 11 сентября ясна и неопровержима. Правительство Соединенного Королевства пришло к тому же заключению касательно виновности Аль-Каиды и Усамы Бин Ладена в атаке 11 сентябре 2001 года. В 2006 году, Rex Tomb, отделение ФБР по связям с общественностью, сообщило следующее: «Причиной, почему дело 9/11 не упоминается на странице Усама Бин Ладена в Списке Самых Разыскиваемых Преступников, является то, что у ФБР нет серьезных доказательств причастности Бин Ладена к делу 9/11». Пока Министерство Юстиции США не прибегало к формальному уголовному обвинению против Бин Ладена по поводу дела 9/11. Это дало, как некоторые говорят, «повод для теоретиков различных заговоров, которые считают, что правительство США, либо какая-то другая структура, стояла за атаками 11 сентября».
Бин Ладен сначала отрицал участие в актах 11 сентября 2001 года, в то же время нахваливал их.
В ноябре 2001 года силы США восстановили видеопленку из разрушенного дома в Джалалабаде, Афганистан. На ней Усама Бин Ладен обсуждает нападение со старым другом, моджахедом Халедом аль-Харби, и из разговора становится ясно, что Бин Ладен знал о предстоящей атаке. «Мы заранее подсчитали количество жертв врага» и «Мы получили уведомление в предыдущий четверг, что событие [атака 9/11 ] произойдет в этот день». Пленка транслировалась на различных новостных каналах 20 декабря 2001 года. Однако некоторые спорили с таким переводом. 20 декабря 2001 года немецкий телеканал «Das Erste» продемонстрировал свой анализ перевода Белого Дома. На передаче два независимых переводчика и один эксперт-востоковед обнаружили, что перевод Белого Дома был не только неточным, но и еще и «манипуляционным». Эксперт арабского языка доктор Абдель Эль М. Хуссейни, один из переводчиков, заявил: «Я четко проверил перевод Пентагона. Перевод очень проблематичен. В самых важных местах, где перевод доказывает вину Бин Ладена, английский текст не совпадает с арабским».
Еще одно видео с Бин Ладеном было выпущено 27 декабря 2001 года и содержало то же послание, что и в первый раз. Америка обвинила его в организации теракта из-за фразы «Крестоносцы ненавидят исламский мир».
Незадолго до выборов президента США в 2004 году была выпущена еще одна запись с заявлением, которая была показана по каналу Аль-Джазира, и на ней Бин Ладен прекратил отрицать свою причастность без отказа от предыдущих заявлений. На видео он сказал зрителям, что сам лично направил 19 террористов для угона самолетов, и предоставил то, что якобы являлось мотивацией к этому поступку:
«Я объясню вам причины произошедших событий, и расскажу вам правду о тех моментах, когда принималось решение, чтобы вы смогли как-то отреагировать на них. Бог знает, что план атаки на башни неспроста появился у нас, это идея пришла ко мне в голову, когда дела зашли слишком далеко с подавлением америко-израильского союза и притеснением наших людей в Палестине и Ливане.
Согласно пленке Бин Ладен заявил, что был вдохновлен на разрушение Всемирного торгового центра после просмотра видео, на котором были уничтожены башни в Ливане во время ливанской войны в 1982 году.