Суданские органы, чье правительство находилось под международным покровительством, предложили отправить Усаму Бин Ладена в Саудовскую Аравию в середине 90-х, тем самым предложив стране простить его. Аравия отказалась, потому что гражданство Усамы уже было отозвано, и принять его к себе страна никак не могла. Далее в мае 1996 года, под возрастающим давлением со стороны Саудовской Аравии, Египта и США, Судан попросил Бин Ладена уехать из страны. Бин Ладен был вынужден продать то, чем он владел в Судане.

Усама вернулся в Афганистан на заказном самолете, и прибыл в Кабул после приглашения от Абдула Расула Сайфа, лидера Исламского Союза Освобождения Афганистана, члена Афганского Северного Альянса. После пребывания в течение нескольких месяцев в приграничном регионе в гостях у местных лидеров, Бин Ладен установил тесные связи с лидерами нового талибанского правительства Афганистана, и в особенности с Муллой Мохаммедом Омаром. Бин Ладен поддерживал талибанский режим в финансовом и военном плане, и в 1997 году он переезжает в Кандахар, цитадель Талибана.

В Афганистане Бин Ладен и Аль-Каида смогли получить деньги от «жертвующих, оставшихся еще со временем советского джихада», и от пакистанской внутренней разведки, которая платила им за борьбу против Индии. Все это делалось в старых лагерях Аль-Каиды в Хосте, которую разведка убедила Талибан вернуть под контроль Аль-Каиды.