При помощи пожертвований, получаемых от благотворительных фондов, например Benevolence International, учрежденного его сводным братом, Мохаммедом Джамалом Калифой, и особенно денег семейного бизнеса, Бин Ладен основал новую базу в Картуме, Судан, для ведения операций моджахедов и распространения исламистской философии и набора агентов в Юго-Восточной Азии, Африке, Европе и США. Бин Ладен также инвестировал деньги в бизнес, например в аль-Джахиру, строительную компанию, которая строила дороги по всему Судану, или Вади аль-Акик, сельскохозяйственная корпорация, во владениях которой находились тысячи акров сорго, арабской резины, кунжута и подсолнечников в центральной провинции Судана Гезира. Операции Бин Ладена в Судане защищала могущественная суданская правительственная фигура, Хассан аль-Тураби, однако ему они никакой выгоды не приносили. Во время пребывания в Судане Бин Ладен женился на одной из племянниц Тураби.

Бин Ладен продолжил атаки на саудовского короля Фахда, например, профинансировав Комитет по консультациям и преобразованиям в Лондоне, который «сотнями отсылал факсовые сообщения самым влиятельным из саудовских подданных», или обвиняя короля и все королевство в разгуле коррупции. 5 марта 1994 года король ответил тем, что лично отозвал гражданство Усамы и запросил в Судане паспорт Бин Ладена, чтобы он не смог больше выезжать за границу. Семью Усамы убедили прекратить денежное содержание, которое на тот момент равнялось приблизительно 7 миллионам долларов.

К тому времени Бин Ладен близко сотрудничал с Египетским Исламским Джихадом (ЕИД), который составлял ядро Аль-Каиды на тот период. В 1995 году ЕИД попытался убить египетского президента Хосни Мубарака с помощью организации аль-Исламия аль-Гама и суданской разведки. Попытка оказалась неудачной и последовала ответная реакция. ЕИД был внезапно изгнан из Судана, а Бин Ладену опять пришлось где-то скрываться. Он на заказном самолете вылетает в Джалалабад, Афганистан, и начинает строить сеть новых контактов.