Один из бывших чиновников Госдепартамента описал Боснию и Герцеговину того времени, как беспечный рай для террористов, после того, как выяснилось, что боевые единицы бывшего правительства города Сараево защищали экстремистов, включая и активных террористов, имевших несомненную связь с Усамой Бин Ладеном. В 1997 году Ржечьпоспосполита, одна из крупнейших польских ежедневных газет сообщила, что разведслужба скандинаво-польской бригады позиционных сил считала, что центр подготовки террористов исламских стран находился в деревне Бочина Донья радом с городом Маглай в Боснии и Герцеговине. В 1992 году тысячи добровольцев присоединились к «Общей армии моджахедов» под названием Эль Моджахед, штаб-квартира которой располагалась в Зенике на заброшенной фабрике, вместе с больницей и молитвенным залом. Согласно отчетам ближневосточной разведки Бин Ладен финансировал переправу малых групп рекрутов из арабского мира при помощи суданских партнеров по бизнесу. Среди них был Карим Саид Атмани, которого власти считали фальсификатором документов для алжирцев, обвиненных в террористических атаках в США. Раньше он жил вместе с Ахмедом Рессамом, человеком, арестованным на границе Канады и США в середине декабря 1999 года с машиной полной нитроглицерина и деталей для создания бомб. Он был осужден французским судом за сговор с Усамой Бин Ладеном. Боснийское правительство, разыскивая паспорт и записи о пребывании по срочному запросу США, обнаружило, что бывшие моджахеды, связанные с той же алжирской группой и другими террористическими бандами, последние несколько лет проживали в 60 км от Сараево, столицы государства. Халил аль-Дик был арестован в Иордании в конце декабря 1999 года по подозрению в организации атак на места скопления туристов; второй человек с боснийским гражданством, Хамид Айч, жил в Канаде в то же самое время, что и Атмани и работал в благотворительной организации, связанной с Усамой Бин Ладеном. В отчете за 26 июня 1997 года о взрывах в здании Аль Кобар в Рияде, Саудовская Аравия, газета Нью-Йорк Таймс заметила, что арестованные признались в том, что состояли на службе боснийских мусульманских сил. Кроме того, террористы признали связь с Усамой Бин Ладеном. В 1999 году выяснилось, что Усама Бин Ладен и его тунисский помощник Мехрез Аодуни получили гражданство и боснийские паспорта в 1993 году от правительства города Сараево. Боснийское правительство отвергло эту информацию, сообщив, что Аодуни был арестован в Турции во время получения боснийского паспорта. Согласно этому было дано новое объяснение, и согласно ему Бин Ладен «лично не забирал свой боснийский паспорт» и что чиновники в боснийском посольстве в Вене, которые и выдали паспорт, не могли знать, кем был Бин Ладен в то время. Ежедневная боснийская газета Ослободенье в 2001 году опубликовала статью о том, что три человека, подозреваемых в связях с Усамой Бин Ладеном, были арестованы в Сараево в июле 2001 года. Все трое, один из которых был опознан, как Имад Эль Мисри, являлись египетскими подданными. Газета сказала, что у двоих из подозреваемых были боснийские паспорта.

В 1998 году Бин Ладен управляет своей террористической сетью с территории Албании. Газета Чарлстон процитировала Фатоша Клози, начальника албанской разведки, который сказал, что сеть, управляемая саудовским изгнанником Усамой Бин Ладеном, посылает боевые единицы для ведения действий в сербской провинции Косово. Подтверждение этой деятельности поступило от Клода Кадера, французского подданного, который сказал, что является членом албанской сети Бин Ладена. Он заявил, что ездил в Албанию для подготовки и вооружения боевиков в Косово. В 2000 году Бин Ладен работал в Косово, разрабатывая террористические акты во время восстания в долине Пресево.