К 1988 году Бин Ладен отделился от Мактаба аль-Хадамата из-за разных взглядов на стратегию действий. Пока Аззам и его организация поддерживали афганских боевиков и предоставляли убежище беженцам и раненым, Бин Ладен хотел занять более активную позицию в войне, чтобы арабские боевики не только тренировались при помощи организации, но и воевали на полях сражений, ведомые арабскими командирами. Одной из важнейших причин отделения и создания Аль-Каиды являлось стремление Аззама внедрить арабских боевиков в афганские войска, вместо образования отдельных боевых единиц.
В 1990 году Бин Ладен вернулся в Саудовскую Аравию героем джихада, и в саудовской прессе был окрещен праведным, бесстрашным воином, который вместе с арабскими легионами «победил великую мощь» Советского Союза. Однако примерно в то же время Ирак вторгся в соседний Кувейт, и Бин Ладен был предупрежден, что немусульманские силы войдут в королевство, чтобы сражаться с Ираком. Он встретился с саудовским принцем Султаном, министром обороны, и предложил помощь в защите Саудовской Аравии:
Бин Ладен: Я готов предоставить 100,000 солдат в полной боевой готовности в течение трех месяцев. Вам не нужны американцы. Как и любые другие немусульманские войска. У нас достаточно войск.
Принц Султан: Что вы будет делать, когда страна начнет атаку химическим и биологическим оружием?
Бин Ладен: Вера поможет нам.
Бин Ладену отказали, и он публично заявил о саудовской зависимости от США, решив прекратить существование своих баз на территории Аравии. Другие саудовские мусульмане также расстроились из-за того, что немусульманские войска появятся на полуострове, где стоят два священных города, Мекка и Медина. Антиправительственные исламистские боевики были возмущены еще больше, когда иностранные базы остались на территории страны после окончания Войны в Заливе.
Резкая критика Бин Ладена по отношению к саудовской монархии привела к тому, что правительству пришлось заставить его замолчать. Согласно отчету комиссии по делу 9/11 «с помощью инакомыслящего члена королевской семьи он смог выбраться из страны под предлогом поездки на исламский съезд в Пакистане в апреле 1991 года». По другим данным, Бан Ладен вернул свой саудовский паспорт, чтобы поехать в Пешавар в марте 1992, чтобы послужить миротворцем в Афганской Гражданской Войне. В любом случае Хасан аль-Тураби, лидер Национального Исламского Фронта, пригласил Бин Ладена для «перемещения всей организации в Судан» в 1989 году. Агенты Бин Ладена начали скупать собственность в Судане в 1990 году. Бин Ладен переехал в Судан в 1992 году.