Богатство и связи Бин Ладена помогали его интересам в поддержании моджахедов, мусульманских партизан, воевавших в Афганистане против Советского Союза в ответ на вторжение в страну в 1979 году. Его старый преподаватель из университета в Джидде, Абдулла Аззам, переехал в Пешавар, главный пограничный город в северо-западной пограничной провинции Пакистана. Там Аззам смог организовать сопротивление. Пешавар находится лишь в 15 км к востоку от Хайберского прохода, через горы Сафед Кох, связанные с северо-восточным краем гор Гиндукуш. Этот маршрут стал главным проходом для иностранных солдат и доставки материальной помощи в северный Афганистан с целью оказания сопротивления Советам.

После окончания колледжа в 1979 году Бин Ладен присоединился к Аззаму в борьбе против советского вторжения и некоторое время жил в Пешаваре. Согласно Рахимулле Юсуфзаю, «Азам убедил его вступить в борьбу и использовать свои деньги» для тренировки рекрутов. В начале 1980-ых Бин Ладен жил в нескольких домах на Арбаба Роуд, узкой улочке в университетском городке по соседству с Пешаваром. Рядом с дорогой Гилшан Икбал находится арабская мечеть, которую Абдулла Азам использовал в качестве центра джихада, согласно расследованию, проведенному Рейтерс в окрестностях города.

К 1984 году вместе с Аззамом Бин Ладен создал саудовскую организацию под названием Махтаб аль-Хамадат (в переводе на русский – Бюро услуг), которая собирала деньги, оружие и мусульманских солдат со всего арабского мира с целью вовлечения в афганский конфликт. Кроме аль-Хамадата семья Бин Ладена платила за авиабилеты, жилье, улаживала бумажные дела с пакистанскими властями и представляла различного рода услуги боевикам джихада. Управляя аль-Хадаматом Бин Ладен создал сеть тайных агентов, путешествующих между Афганистаном и Пешаваром, которая действовала вплоть до 2001 года. Именно в этот период Бин Ладен встретил своего будущего сподвижника по Аль-Каиде, доктора Аймана аль-Завахири, члена, а позднее и главу египетского Исламского джихада.